Em 1988, juntou-se ao francês Alain Prost na McLaren–Honda, com o qual teve grande rivalidade. Senna venceu oito etapas daquela temporada e sagrou-se campeão mundial pela primeira vez. Após a polêmica final de 1989 com Prost que resultou na segunda colocação do torneio, ele retomou o título em 1990, vencendo novamente na temporada seguinte, tornando-se o piloto mais jovem a conquistar um tricampeonato na Fórmula 1 até então.